Forum Tertinggi dalam forum GPdI ialah Musyawarah Besar yang diadakan 5 tahun sekali. Selain menetapkan Garis Besar Program Kerja (GBPK), Mubes juga berfungsi memilih Pimpinan Tingkat Nasional GPdI yang disebut Majelis Pusat. Majelis Pusat sekarang beranggotakan sebanyak-banyaknya 24 orang yaitu Seorang Ketua Umum, beberapa orang Ketua, Seorang Sekretaris Umum, beberapa orang Sekretaris, seorang Bendahara Umum, beberapa orang Bendahara, dan yang lainnya memimpin departemen-departemen, yaitu : Departemen Penginjilan, Penggembalaan, Pendidikan & Pengajaran, Organisasi, Pertumbuhan Gereja, Diakonia, Pembangunan

Kemudian Majelis Pusat mengangkat pengurus-pengurus wadah tingkat nasional yang disebut Komisi Pusat berjumlah 9 buah yaitu : Pelayanan Anak Pantekosta (PELNAP), Pelayanan Remaja Pantekosta (PELRAP), Pelayanan Pemuda Pantekosta (PELPAP), Pelayanan Wanita Pantekosta (PELWAP), Pelayanan Pria Pantekosta (PELPRIP), Pelayanan Profesi & Usahawan Pantekosta (PELPRUP), Pelayanan Anak Anak Hamba Tuhan (PELAHT), Pelayanan Mahasiswa Pantekosta (PELMAP), Komisi Penginjilan Pantekosta Pusat.

Setelah Mubes diadakan, maka setiap daerah mengadakan Musyawarah Daerah (Musda) yang tujuannya antara lain memilih pimpinan tingkat daerah yang disebut Majelis Daerah. GPdI kini memiliki 32 Majelis Daerah ,dalam dan luar negeri, sebagai berikut : MD Sumut-NAD, MD Sumbar, MD Riau, MD Kepri, MD Jambi, MD Sumsel, MD Bengkulu, MD Bangka-Belitung, MD Lampung, MD Banten, MD Jakarta, MD Jawa Barat, MD Jawa Tengah, MD Yogyakarta, MD Jawa Timur, MD Bali/NTB, MD NTT, MD Kalbar, MD Kalteng, MD Kaltim, MD Kalsel, MD Sulsel, MD Sulbar, MD Sultra, MD Sulteng, MD Sulut, MD Gorontalo, MD Maluku Utara, MD Maluku, MD Papua, MD Australia, MD West Coast USA, MD East Coast USA.

Setelah terpilih maka setiap MD juga menetapkan pengurus wadah-wadah tingkat daerah sesuai kebutuhan yang disebut Komisi Daerah. Selain itu MD juga menetapkan Majelis-Majelis Wilayah sesuai kebutuhan, dan Majelis Wilayah pun akan menetapkan pengurus wadah di tingkat wilayah yang disebut Komisi Wilayah. Setiap Majelis Wilayah membawahi gembala-gembala yang menjadi basis utama pelayanan GPdI, dan setiap gembala mengangkat pengurus wadah tingkat sidang jemaat.